El Proyecto Educativo Bonaventuriano es el derrotero que construye la Universidad de San Buenaventura como guía de su quehacer para que toda su comunidad universitaria se identifique y desarrolle acciones que hagan factible el espíritu de vida y de formación a través de sus tres dimensiones: como Universidad, como Universidad católica y como Universidad católica franciscana.

Como elaboración conceptual, ideológica y filosófica para el ordenamiento, el Proyecto Educativo Bonaventuriano propende por la igualdad de propósitos y la diversidad de estrategias. La igualdad de propósitos se entiende como la unificación de criterios para la identidad institucional al servicio de la sociedad tanto colombiana como internacional. La diversidad de estrategias comprende el diseño de las acciones con que la sede y cada una de las seccionales hacen operativos y funcionales los elementos de la identidad bonaventuriana, para coordinar su planeación y desarrollo en consonancia con su entorno, sus posibilidades físicas y económicas y sus propios indicadores de oportunidad y de tiempo.